口袋妖怪火红版中神兽的分布位置与栖息环境高度相关，火焰鸟位于火焰山山顶，闪电鸟栖息于无人发电厂深处，急冻鸟则藏匿在双子岛最内侧需用岩石阻挡急流才能到达的区域。超梦需在通关后前往超梦山洞最底层捕捉，而梦幻的触发条件较为特殊，需在红莲岛研究所秘密钥匙所在楼层随机遭遇。三圣兽中雷公需击败四大天王后在关东地区草丛随机遇到，水君和炎帝的触发机制与之类似但需对应初始精灵选择。
神兽的捕捉往往需要前置条件，例如洛奇亚位于第八座彩虹岛右下角海域，等级高达70级，需玩家具备冲浪技能和足够战力。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图挑战后出现，等级为30级且为超能力属性。冰神柱和岩神柱分别分布于双子岛滑冰场及1号岛上方草地，钢神柱则出现在无人发电站特定区域。古拉顿的捕捉位置较为隐蔽，位于1号岛火焰山地下空间，需通过特殊地形进入。
部分神兽与游戏进程深度绑定，如吉拉奇仅出现在幽灵塔顶楼，需突破火箭队封锁才能抵达。海皇牙需在双子岛使用高级钓竿垂钓获得，天空之龙则潜伏在冠军之路第二层。三圣鸟并非固定出现，可能因天气或时间因素改变位置，需要玩家反复探索。红蓝水督的捕捉区域重叠，均在7号岛最下方海域，但颜色形态存在差异。
神兽的战斗机制具有特殊性，急冻鸟的冰冻效果、闪电鸟的麻痹特性都会增加捕捉难度。建议携带对应属性的精灵进行克制，如用水系对抗火焰鸟，地面系应对闪电鸟。大师球的合理分配至关重要，超梦与洛奇亚等高等级神兽建议优先使用。部分神兽如凤凰需在1号岛下方草丛随机遭遇，其出现概率与图鉴完成度可能存在关联。
探索过程中需注意环境交互，火焰山的熔岩地形、无人发电厂的电气装置都是神兽存标志。海神洞穴需要潜水技能才能进入深处寻找急冻鸟，而岩山隧道的碎石技能可能解锁隐藏路径。游戏内NPC对话会提供关键线索，如正辉赠送的船票是前往彩虹岛捕捉神兽的必要道具。幽灵塔的观测镜、宝可梦笛子等特殊物品也直接影响神兽剧情的推进。
