通关一周目后，玩家将触发七岛剧情。首先需前往枯叶市港口，与馆长对话选择前往七岛。抵达一岛后，前往岛屿北部的实验室，与研究员互动获得三岛通行证。可自由探索一至三岛，但需注意二岛的任务线索。在二岛南部民居接取寻找失踪女孩的任务，根据提示前往三岛西侧的森林深处，击败吓阻女孩的精灵后将其带回父亲处，可获得月之石奖励。
完成基础任务后，需重点解决四岛至六岛的密码谜题。返回五岛仓库时发现需要另一段密码，需前往六岛。通过冲浪抵达六岛右侧的遗迹山谷，穿过绿色小径进入洞穴迷宫。按上、左、右、下路线取得蓝宝石，但会被火箭队成员抢夺并获知密码。返回五岛输入密码开启仓库，击败内部火箭队成员夺回蓝宝石。此阶段需注意迷宫内的训练家强度较高，建议提前提升队伍等级。
携带蓝宝石返回一岛实验室激活通讯功能后，前往七岛最北端的洞穴。该区域需推动石板解谜，正确排列后可进入隐藏区域捕捉未知图腾。随后返回华蓝洞窟，在深处遭遇70级超梦。建议携带大师球或高等级克制精灵应对，其精神干扰和自我再生技能具有较强威胁。击败四天王后，七岛所有功能区域将完全开放。
在四岛灯火山温泉附近可利用战斗探测器反复挑战训练师刷取经验，六岛龙之洞窟可获得龙之鳞片提升龙系技能威力。各岛屿分布着不同属性的稀有精灵，如三岛森林的吉利蛋、五岛回忆之塔的化石翼龙等。探索时建议携带冲浪、怪力等秘传技能以解锁全部区域，部分洞穴需闪光术照明。
剧情推进过程中需注意关键物品获取顺序。船票是触发七岛剧情的必要道具，需在正辉事件后取得。红蓝宝石的获取直接影响通讯功能解锁，而富士老人赠送的宝可梦笛子可用于唤醒挡路的卡比兽。火箭队仓库的电梯钥匙需击败地下四层的特定成员获得，这些物品缺一不可。建议在背包保留至少六个空位以容纳任务物品。
