武功的选择与搭配是提升弟子战斗力的核心要素之一。对于211阵容（即两名前排输出、一名中排控制和一名后排输出），武功的配置需要兼顾爆发、控制和持续输出能力。前排输出角色通常携带高伤害单体武功，如天山六阳掌或独孤九剑，这类武功能在短时间内对敌方关键目标造成致命打击。中排控制角色则适合配备带有控制效果的武功，例如打狗棍法或乾坤大挪移，以干扰敌方节奏。后排输出角色可选择群体伤害武功，如降龙十八掌，确保对敌方整体造成压制。
武功的触发几率与弟子的属性密切相关。攻击型弟子的武功释放概率通常受攻击力影响，而内力型弟子则依赖内力值。在培养弟子时需根据其定位优先提升对应属性，例如为携带天山六阳掌的弟子堆叠内力，或为使用独孤九剑的弟子强化攻击。部分武功与弟子存在缘分加成，例如萧峰与降龙十八掌的组合会显著提升触发几率，这类搭配应优先考虑。武功等级也需通过参悟其他武功提升，高等级武功不仅伤害更高，特效触发条件也可能更宽松。
武功的实战效果还需结合阵容的整体战术。211阵容强调快速突破，因此前排武功应以高爆发为主，避免选择需要长时间蓄力的技能。中排控制武功的释放时机至关重要，通常需在敌方核心角色行动前打断其节奏。后排群体武功则需关注敌方站位，优先覆盖高威胁目标。在资源有限的情况下，应优先升级核心输出角色的武功，确保其能在关键回合发挥作用。需注意武功之间的互补性，例如搭配单体与群体武功以应对不同战况。
后期武功的优化需考虑敌方常见阵容的应对策略。面对高防御阵容时，可加入穿透类武功如六脉神剑；若敌方控制较多，则需为关键输出弟子配备抗性内功如金钟罩。武功的替换与调整应基于实战反馈，避免盲目追求高品级而忽视实际效果。部分特殊武功如缘分配套的加成效果可能优于常规选择，需根据弟子培养进度灵活调整。武功系统的深度与策略性决定了其在大掌门2中的核心地位，合理搭配是提升战力的关键所在。
