合理选择捕捉的宝可梦能显著提升游戏体验。首先推荐在常磐森林捕捉皮卡丘，虽然遇到概率较低，但其电系属性在前期对抗水系和飞行系训练家时优势明显。绿毛虫（进化为巴大蝴）也是实用选择，它能通过学习催眠粉和麻痹粉成为捕捉野生宝可梦的辅助工具。
水系宝可梦中，推荐在枯叶市码头或华蓝市水域捕捉角金鱼（进化为金鱼王）或墨海马（进化为刺龙王）。刺龙王的水+龙双属性使其对草系和电系攻击有抗性，后期输出能力接近部分神兽。若初始选择杰尼龟，可优先培养其进化形态水箭龟，其高防御和消耗能力在挑战联盟时表现突出。
草系宝可梦方面，妙蛙种子（进化为妙蛙花）是综合性能最佳的选择，免疫剧毒且能通过寄生种子、光合作用等技能实现持续作战。若未选择妙蛙种子，可在月见山或野生原野区捕捉蛋蛋（进化为椰蛋树），其超能+草属性能有效应对格斗系和地面系敌人。
飞行系宝可梦推荐捕捉波波（进化为比雕）或快龙。快龙虽需后期进化，但其速度种族值极高，战斗中常能优先出手。比雕则容易成型，适合中期过渡。电系必抓皮卡丘，搭配电气珠后输出堪比后期神兽，但需注意其生存能力较弱。
岩石系和地面系宝可梦建议捕捉地鼠（进化为三地鼠）或小拳石（进化为隆隆岩）。前者可通过地鼠洞快速获取，后者能抵抗电系和普通系攻击。火系优先培养初始小火龙（进化为喷火龙），若未选择则可在红莲岛捕捉卡蒂狗（进化为风速狗）。
急冻鸟、火焰鸟和闪电鸟分别位于双子岛、灯火山和无人发电厂，建议携带巴大蝴或催眠类宝可梦提高捕获成功率。超梦需通关后前往华蓝洞窟，需准备高等级队伍应对。
